Measurement date December 14, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-08
Digitized points 38 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels None
EOG channels EOG061, EOG062
ECG channels ECG063
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-08_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration 00:04:32 (HH:MM:SS)
PSD
Measurement date December 14, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-emptyroom
Digitized points 38 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels None
EOG channels Not available
ECG channels Not available
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-08_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration 00:01:32 (HH:MM:SS)
PSD
Events
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline off
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
3 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
4 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
5 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
6 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
7 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
8 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
9 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
10 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
11 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
12 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
13 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
14 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
15 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
16 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
17 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
18 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
21 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
22 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
23 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
24 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
25 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
26 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
29 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
32 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
33 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
34 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
35 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
36 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
37 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
38 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
41 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
42 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
43 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
44 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
45 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
46 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
47 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
48 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
49 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
50 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
51 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
52 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
53 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
54 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
55 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
56 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
59 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
60 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
61 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
62 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
63 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
64 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
65 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
66 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
67 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
68 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
71 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
72 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
75 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
76 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
79 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
80 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
81 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
82 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
83 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
84 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
85 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
86 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
87 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
88 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
89 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
90 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
91 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
92 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
93 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
94 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
95 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
96 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
97 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
98 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
101 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
102 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
103 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
104 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
105 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
106 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
107 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
108 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
109 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
110 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
111 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
112 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
113 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
114 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
115 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
116 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
119 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Method picard
Fit 192 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components 52
Explained variance 99.0 %
Available PCA components 306
Channel types mag, grad
ICA components marked for exclusion ICA017
ICA029
Original and cleaned signal
ICA component topographies
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline -0.200 – 0.000 sec
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
1 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
2 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
3 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
4 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
5 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
6 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
7 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
8 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
9 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
10 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
11 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
12 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
13 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
14 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
15 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
16 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
17 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
18 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
21 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
22 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
23 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
24 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
25 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
26 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
27 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
28 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
29 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
32 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
33 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
34 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
35 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
36 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
37 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
38 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
39 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
40 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
41 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
42 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
43 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
44 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
45 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
46 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
47 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
48 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
49 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
50 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
51 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
52 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
53 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
54 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
55 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
56 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
59 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
60 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
61 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
62 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
63 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
64 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
65 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
66 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
67 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
68 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
69 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
70 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
71 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
72 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
75 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
76 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
79 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
80 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
81 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
82 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
83 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
84 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
85 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
86 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
87 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
88 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
89 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
90 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
91 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
92 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
93 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
94 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
95 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
96 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
97 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
98 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
101 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
102 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
103 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
104 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
105 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
106 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
107 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
108 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
109 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
110 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
111 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
112 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
113 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
114 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
115 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
116 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
117 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
118 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
119 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Full-epochs Decoding
Each black dot represents the single cross-validation score. The red cross is the mean of all cross-validation scores. The dashed line is expected chance performance.
Decoding performance over time
Time-by-time decoding: 60 × incoherent ./. 60 × coherent
Sensor alignment
Average distance from 29 digitized points to head: 1.15 mm
Covariance matrix
Singular values
  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found