| Measurement date | December 14, 1911 00:00:00 GMT |
|---|---|
| Experimenter | mne_anonymize | Participant | sub-08 |
| Digitized points | 38 points |
| Good channels | 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc |
| Bad channels | None |
| EOG channels | EOG061, EOG062 |
| ECG channels | ECG063 |
| Sampling frequency | 250.00 Hz |
| Highpass | 1.00 Hz |
| Lowpass | 40.00 Hz |
| Filenames | sub-08_task-localizer_proc-filt_raw.fif |
| Duration | 00:04:32 (HH:MM:SS) |
| Measurement date | December 14, 1911 00:00:00 GMT |
|---|---|
| Experimenter | mne_anonymize | Participant | sub-emptyroom |
| Digitized points | 38 points |
| Good channels | 204 Gradiometers, 102 Magnetometers |
| Bad channels | None |
| EOG channels | Not available |
| ECG channels | Not available |
| Sampling frequency | 250.00 Hz |
| Highpass | 1.00 Hz |
| Lowpass | 40.00 Hz |
| Filenames | sub-08_task-noise_proc-filt_raw.fif |
| Duration | 00:01:32 (HH:MM:SS) |
| Number of events | 120 |
|---|---|
| Events | coherent/down: 30 coherent/up: 30 incoherent/down: 30 incoherent/up: 30 |
| Time range | -0.200 – 1.000 sec |
| Baseline | off |
| Epoch # | event_name | coherent/down | coherent/up | incoherent/down | incoherent/up | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 0 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 1 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 2 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 3 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 4 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 5 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 6 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 7 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 8 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 9 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 10 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 11 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 12 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 13 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 14 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 15 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 16 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 17 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 18 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 19 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 20 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 21 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 22 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 23 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 24 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 25 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 26 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 27 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 28 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 29 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 30 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 31 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 32 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 33 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 34 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 35 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 36 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 37 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 38 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 39 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 40 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 41 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 42 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 43 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 44 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 45 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 46 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 47 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 48 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 49 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 50 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 51 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 52 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 53 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 54 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 55 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 56 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 57 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 58 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 59 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 60 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 61 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 62 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 63 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 64 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 65 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 66 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 67 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 68 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 69 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 70 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 71 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 72 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 73 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 74 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 75 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 76 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 77 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 78 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 79 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 80 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 81 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 82 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 83 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 84 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 85 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 86 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 87 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 88 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 89 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 90 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 91 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 92 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 93 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 94 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 95 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 96 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 97 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 98 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 99 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 100 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 101 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 102 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 103 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 104 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 105 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 106 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 107 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 108 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 109 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 110 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 111 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 112 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 113 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 114 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 115 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 116 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 117 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 118 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 119 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN |
120 rows × 6 columns
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
| Method | picard |
|---|---|
| Fit | 192 iterations on epochs (36120 samples) |
| ICA components | 52 |
| Explained variance | 99.0 % |
| Available PCA components | 306 |
| Channel types | mag, grad |
| ICA components marked for exclusion | ICA017 ICA029 |
| Number of events | 120 |
|---|---|
| Events | coherent/down: 30 coherent/up: 30 incoherent/down: 30 incoherent/up: 30 |
| Time range | -0.200 – 1.000 sec |
| Baseline | -0.200 – 0.000 sec |
| Epoch # | event_name | coherent/down | coherent/up | incoherent/down | incoherent/up | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 0 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 1 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 2 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 3 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 4 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 5 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 6 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 7 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 8 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 9 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 10 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 11 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 12 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 13 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 14 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 15 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 16 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 17 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 18 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 19 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 20 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 21 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 22 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 23 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 24 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 25 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 26 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 27 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 28 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 29 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 30 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 31 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 32 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 33 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 34 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 35 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 36 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 37 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 38 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 39 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 40 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 41 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 42 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 43 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 44 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 45 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 46 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 47 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 48 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 49 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 50 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 51 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 52 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 53 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 54 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 55 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 56 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 57 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 58 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 59 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 60 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 61 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 62 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 63 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 64 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 65 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 66 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 67 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 68 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 69 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 70 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 71 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 72 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 73 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 74 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 75 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 76 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 77 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 78 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 79 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 80 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 81 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 82 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 83 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 84 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 85 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 86 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 87 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 88 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 89 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 90 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 91 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 92 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 93 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 94 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 95 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 96 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 97 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 98 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 99 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 100 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 101 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 102 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 103 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 104 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 105 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 106 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 107 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 108 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 109 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 110 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 111 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 112 | coherent/down | 0.000 | NaN | NaN | NaN | |
| 113 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 114 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 115 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 116 | incoherent/up | NaN | NaN | NaN | 0.000 | |
| 117 | coherent/up | NaN | 0.000 | NaN | NaN | |
| 118 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN | |
| 119 | incoherent/down | NaN | NaN | 0.000 | NaN |
120 rows × 6 columns
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
"""
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals
study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'
# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"] # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1
task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']
l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250
# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'
# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)
# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']
# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]
# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'
on_error = "debug"
Platform: Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python: 3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03) [GCC 9.4.0]
Executable: /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU: x86_64: 88 cores
Memory: 503.8 GB
mne: 1.1.1
numpy: 1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy: 1.8.1
matplotlib: 3.4.3 {backend=agg}
sklearn: 0.24.2
numba: 0.55.1
nibabel: 3.2.1
nilearn: Not found
dipy: Not found
cupy: Not found
pandas: 1.3.3
pyvista: 0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt: 0.5.0
ipyvtklink: Not found
vtk: 9.1.0
qtpy: 1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl: Not found
pyqtgraph: Not found
pooch: v1.6.0
mne_bids: 0.11.dev0
mne_nirs: Not found
mne_features: Not found
mne_qt_browser: Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel: Not found